Eh mannaggia... potrebbe anche esser(le) successo qualcosa di poco piacevole, in effetti. Se il regolatore ha sparato fuori tensioni un pò troppo alte, la batteria potrebbe averne risentito. Per non cambiarla nuovamente senza motivo, però, ti converrebbe farla controllare da qualcuno di esperto. Qui nella mia zona avrei un posto da consigliarti, ma tu sei un pò troppo distante.
Se la candela ha solo 2000km, è praticamente nuova. Ma... anche lei potrebbe aver risentito un pò dei capricci del regolatore (??). Una controllata non le farà male, certamente... e come scritto sopra, è il componente più economico da sostituire.
Il fatto che il problema si manifesti solo a caldo, mi fa propendere più per la candela che per la batteria. Una cosa utile comunque potrebbe essere avere disponibile un multimetro e misurare la tensione quando la moto è calda e in moto, poi quando la spegni, dopo qualche minuto, e poi quando la vuoi riaccendere, ancora a motore caldo.
Giusto per avere qualche dato.